1898年《美西巴黎条约》、1900年《美西华盛顿条约》和1930年《英美条约》等明确规定了菲领土界限西限以东经118度为界，黄岩岛在此范围之外。1935年菲宪法、1947年美菲一般关系条约、1952年菲美军事同盟条约、1961年6月17日菲关于领海基线第3046号法令和1968年菲关于领海基线的修正令等都先后重申了三个条约的法律效力，再次明文确定了菲领土范围，菲领海基点和基线均未包括黄岩岛。　1981年、1984年菲出版的地图也都将黄岩岛标绘在菲领土界限之外。上述事实充分证明，黄岩岛处于菲领土范围之外，根本不是菲领土。

菲在1997年以前从未对中国政府对黄岩岛行使主权管辖和开发利用提出过任何异议，并且还多次表示黄岩岛在菲领土范围之外。菲驻德国大使比安弗吉尼在其1990年2月5日致德国无线电爱好者迪特的信中，明确表示“据菲国家地图和资源信息部，黄岩岛不在菲领土主权范围以内”。在1994年10月18日菲国家地图和资源信息部及1994年11月18日菲业余无线电协会向美国业余无线电协会出具的文件中，均确认“菲领土边界和主权是由1898年12月10日巴黎条约第三款所规定，黄岩岛位于菲领土边界之外”。

50年代初，驻菲苏比克湾的美国军队无视中国主权，擅自将黄岩岛开辟成为靶场。

1977年10月、1978年6月，中国科学院南海海洋研究所的科研队还登上岛进行考察活动。

1980年后，菲律宾政府将黄岩岛划在其200海里专属经济区内，但由于当时黄岩岛由驻菲美军实际控制，菲律宾并未提出主权要求。

从1997年开始，菲方多次出动军舰和军用飞机在黄岩岛及其附近海域对民间组织的无线电探险活动进行跟踪、监视和干扰。4月30日，菲国两位众议员公然搭乘海军舰艇登上黄岩岛，他们在岛上竖旗立碑，并对中方人员进行拦堵和恫吓。

1994年《联合国海洋法公约》有关专属经济区的法规颁布实施后，菲律宾政府以黄岩岛位于其200海里专属经济区内为理由，宣称对黄岩岛拥有海洋管辖权，后来又改为对黄岩岛拥有主权。

1997年4月30日，中国无线电运动协会组织的中美日无线电探险队登上黄岩岛进行无线电探险活动期间菲律宾多次出动军舰和军用飞机对此进行跟踪、监视和干扰。

1997年5月20日，一艘菲律宾海军巡逻艇在黄岩岛外11千米处拘捕了一艘准备航行到马绍尔群岛的中国渔船，拘留了21位中国渔民。

1997年8月5日，菲律宾和美国联合在黄岩岛附近举行飞机和战舰的实战演习。

1998年1—3月，来自海南省琼海市潭门镇的琼海00473和00372号以及中远渔313和311号四艘渔船在两个月时间内，相继在黄岩岛海域被菲海军拦截，51位渔民同样遭到“非法入境”的指控，被菲拘押近半年时间。

1999年5月23日，中国一艘渔船在黄岩岛遭菲军舰追击并被撞沉，导致11名渔民落水。据报道，菲海军在追赶渔船时，曾使用机枪扫射。中国外交部发言人就此向菲提出严正抗议和交涉。

1999年6月，菲律宾教育部在新版地图中将黄岩岛，连同整个南沙群岛列入版图。8月，菲政府把“南沙群岛是菲律宾领土”列为修宪的内容，试图以法律的形式进行领土扩张。

1999年11月3日，菲海军一艘舰艇在黄岩岛巡逻时搁浅。菲宣称军舰是在参加救援时发生故障，经中国多次交涉后，仍不将船只拖走。

2000年1月6日，菲海军又在黄岩岛公然驱逐中国正常作业的六艘渔船。1997年以来，菲海军在黄岩岛抓捕好几批中国渔民，都以“非法入境”、“非法捕捞”等莫须有的罪名将他们移交司法机关处理。渔民们大都经历了漫长的司法过程，甚至是铁窗之苦，其间所受的折磨一言难尽。

2000年5月28日，菲海军开枪射杀一名中国渔船船长。

2009年1月28日，菲律宾参议院三读（即最后一读）通过了2699号法案，即“制定菲律宾领海基线的法案”，该法案将中国所有的两处岛屿划为菲律宾所属岛屿。

2009年3月10日菲律宾总统阿罗约不顾中国的反对，正式签署“领海基线法”，将中国的南沙部分岛礁和黄岩岛划入菲领土。中国驻菲大使馆11日对此表示强烈反对和严正抗议。接下来，这一法案将被提交联合国审议。但中菲学者都认为，联合国是绝不会采纳这一法案的。中国学者在接受采访时表示，主权问题不容置疑，如果菲律宾在这个问题上继续一意孤行，势必造成双方更多冲突。